Je-li ovoce sklizeno a vyčleněna část na „zušlechtění“, je možno přistoupit k první fázi výroby pálenky. Tou je rmutování. Při tomto procesu dochází k rozmělnění ovoce a vytvoření tzv. břečky. U ovoce, které neobsahuje dostatek vody je nutno přidat vodu, třeba u švestek to však nutné není. V této podobě jsou cukry, na kterých si v další fázi pochutnají kvasinky, nejpřístupnější.
V další fázi přichází na řadu výše zmíněné kvasinky, které si pochutnají na cukru obsaženém v ovocné břečce. Při výrobě opravdu kvalitních a chutných ovocných pálenek se používají pro tyto účely ušlechtilé vinné kvasinky. Nejsou-li k dispozici vinné kvasinky, dají se použít i kvasinky lihovarnické. Při procesu kvašení dochází k přeměně jednoduchých cukrů na oxid uhličitý a alkohol (přesněji ethanol). Jenže při alkoholovém kvašení neboli fermentaci nevznikne požadované množství alkoholu. Proto je třeba přejít k další fázi výrobního procesu, tedy k destilaci.
Zhruba po 14 dnech po ukončení kvašení se přistupuje k destilaci, která zajistí požadovaný obsah alkoholu v pálence. Destilace se provádí v rozličných destilačních přístrojích a to většinou dvoufázově. Jako ideální koncentrace alkoholu určeného pro konzumaci se uvádí obsah kolem 47%. Při vyšší koncentraci tím trpí především aroma ovocné pálenky, naopak při nižší koncentraci zas může být pálenka vodnatá. Ke snížení koncentrace alkoholu se tak nejčastěji používá destilovaná nebo měkká studniční voda, ke zvýšení zas levnější čistý líh. Právě přidávání lihu nezřídka kdy zneužívají i palírny, které tak zlevňují výrobu.
Obsahuje-li hotový destilát zákal, nastupuje na řadu navíc filtrace nebo čiření. K filtraci je nejčastěji používáno filtračního papíru, v případě hrubšího zákalu, anebo dřevěného uhlí. K čiření se zas používá uhličitan hořečnatý, anebo mléko, které je pro tyto účely velmi praktické.
Pro harmoničtější chuť je dobré nechat pálenku tzv. uzrát. To se může dít, buď ve skleněných demižonech, kde zrání probíhá velmi pomalu, anebo v dřevěných sudech. V nich je zrání mnohem rychlejší, neboť pórovitost dřeva umožňuje lepší přístup vzduchu, který je pro zrání ovocné pálenky a vlastně všech destilátů klíčový. Během zrání destilát ztrácí na objemu, zkrátka se vypařuje. Podobné je tomu například u zrání whisky nebo koňaku.